Serupa tapi Tak Sama (Masakan Cina, Jepang dan Korea Selatan)

• Zhajiangmian (Cina) dan Jajangmyeon (Korea Selatan)

Sekilas dari penampilan dan cara pengucapannya, mi ini tidak terlihat berbeda sama sekali. Sebenarnya, tidak ada perbedaan yang terlalu sigfnifikan. Karena jajangmyeon dari Korea Selatan sendiri merupakan makanan yang diadaptasi dari zhajiangmian dari Cina. Atau bisa dibilang, jajangmyeon adalah versi Korea-nya zhajiangmian. Dari segi tampilan dan bahan pun tidak berbeda jauh. Kedua mi ini sama-sama disajikan dengan pasta kacang kedelai hitam dan sayuran seperti wortel dan mentimun, terkadang dengan tambahan potongan daging atau seafood.

Kiri – Zhajiangmian, Kanan – Jajangmyeon

Perbedaannya adalah, dari cara penyajiannya. Jajangmyeon biasanya disajikan dengan mi, pasta kacang kedelai hitan dan sayuran langsung didalam satu mangkuk, terkadang sudah disajikan dalam keadaan tercampur. Sedangkan zhajiangmian disajikan terpisah antara mi, pasta kacang kedelai hitam dan sayurannya. Hal ini dikarenakan tidak semua masyarakat di Cina menyukai rasa pasta kacang kedelai hitam yang baunya cukup menusuk (apalagi untuk pemula). Jadi, kalau mau tau yang kalian makan itu Zhajiangmian atau Jajangmyeon, lihat dulu bagaimana penyajiannya, OK?

• Sushi (Jepang) dan Gimbap (Korean Selatan)

Nah, kalau dua makanan ini nggak kalah terlihat miripnya seperti zhajiangmian dan jajangmyeon kan? Walaupun terlihat sama persis dan sering dibilang adaptasi dari sushi Jepang, faktanya sushi dan gimbap itu beda jauh lho. Mulai dari bahan, rasa dan penyajian. Dari segi rasa, gimbap terasa lebih ringan karena bumbu yang dipakai biasanya hanya garam dan merica, sedangkan sushi lebih asam karena terdapat campuran cuka.

Kiri – Sushi, Kanan – Gimbap

Dari segi bahan, gimbap jauh lebih simpel dibandingkan sushi, gimbap biasanya hanya terdiri dari sayur-sayuran seperti wortel dan timun, plus beberapa tambahan protein seperti telur dadar, crabstick, tuna kalengan atau cumi-cumi yang semuanya adalah makanan matang. Hal ini dikarenakan gimbap merupakan makanan ringan yang terkenal praktis dan biasa dibuat untuk bekal makanan atau bekal piknik/tamasya. Berbeda dengan sushi yang biasanya disajikan di restoran-restoran khusus dan biasanya cukup mewah. Bahan membuat sushi cukup sulit didapat, seperti salmon segar dan telur ikan salmon. Terutama telur ikan yang sering dianggap makanan mewah dan mahal di Jepang. Beberapa bahannya juga disediakan dalam keadaan mentah, oleh karena itu harus dimakan dengan wasabi untuk menghilangkan bakteri yang ada pada bahan mentah tersebut.

Dari segi penyajiannya, gimbap selalu dibuat bulat dan dipotong tipis-tipis, dengan bahan penggulung luarnya berupa nori (lembaran rumput laut). Sedangkan sushi (terutama sushi rol), tidak selalu berbentuk bulat, ada yang berbentuk agak kotak (untuk estetika), potongannya jauh lebih tebal dibandingkan gimbap, dan tidak selalu digulung dengan nori diluar gulungan. Ada beberapa sushi yang tidak digulung dengan nori, namun digulingkan pada telur ikan, diberi potongan alpukat, atau dililit dengan ikan salmon segar. Jadi, bisa dibedakan antara sushi dan gimbap kan?

• La Mian (Cina), Ramen (Jepang) dan Ramyun (Korea Selatan)

La Mian (Cina)

Ketinganya memiliki pengucapan yang hampir sama percis (again and again and again and again…again… backsound by 2PM – Again and Again). La mian justru paling terlihat berbeda dengan ramen atau ramyun. Menurut saya, la mien adalah nenek moyangnya ‘MIE AYAM’ Indonesia. Percis buanget!! Rata-rata toppingnya cuma potongan daging (ayam/babi/sapi) dan sawi. Tapi, ternyata bukan cuma mie ayam Indonesia, la mian juga merupakan nenek moyang dari ramen Jepang. La mian diperkenalkan oleh masyarakat Cina di Kobe dan Yokohama selama masa Meiji. Sedangkan ramyeon adalah istilah yang diambil dari ramen Jepang. Untuk kata Myeon adalah bahasa korea untuk mi, hampir sama dengan mian untuk bahasa Cina-nya.

Ramen (Jepang)

Perbedaannya dengan ramen, ramyun di Korea Selatan saat ini lebih mengarah pada mi instan dibandingkan mi yang dimasak dari awal tepung doang, sup yang dari awal kaldu doang dan sayur yang dari awal baru metik di kebun. Ramyun sendiri biasanya lebih pedas dan lebih bercita rasa Korea karena kebanyakan ditambahkan dengan kimchi (makanya warnanya merah banget = campuran cabe + kimchi). Selain rasa pedas dan kimchi, di Korea Selatan juga menyajikan beragam rasa ramyun vegetarian. Penyajiannya pun cukup unik, yaitu rata-rata disajikan langsung sama panci-pancinya. Tujuannya, biar ramyeon tetep hangat. Sedangkan ramen, biasanya diperkuat dari kaldu dan topingnya yang bermacam-macam. Beda bahan, beda rasa. Yang sama, beberapa ramen pasti menambahkan narutomaki (sejenis bakso seafood berbentuk bunga) sebagai bahan pelengkap untuk toppingnya (tergantung kaldu).

Ramyeon (Korea Selatan)

Jadi, silsilahnya La Mian -> Ramen -> Ramyeon.

• Fu Yong Hai (Cina), Okonomiyaki (Jepang), Kimchijeon (Korea Selatan)

Fu Yong Hai (Cina)

Siapa yang nggak tau makanan-makanan ini, walaupun kimchijeon agak kurang familiar di telinga kita. tapi, temen-temen pasti tau fu yong hai dan okonomiyaki kan? Apalagi fu yong hai, makanan satu ini nggak pernah absen untuk dipesan di restoran khas Cina, Mi, dan seafood favorit. Sedangkan okonomiyaki sendiri belakangan ini sudah mulai naik daun menyusul saudaranya yang sudah naik daun duluan, yaitu takoyaki dan sushi. Sebenarnya, asal usul ketiga makanan ini sama sekali belum jelas.

Okonomiyaki (Jepang)

Dari segi rasa dan penyajian, ketiganya jelas beda banget. Mungkin, yang sama bentuknya yang sama-sama bulat dan kalo dilihat sepintas rada mirip. Oke, perbedaan pertama dari penyajian, fu young hai menggunakan saus asam manis yang sedikit kental dan sedikit sayuran (seperti kacang polong) untuk topping dan penambah rasa. Okonomiyaki menggunakan saus dari ikan, katshuboshi, aonori dan mayonaise untuk topping dan penambah rasa. Sedangkan kimchijeon tidak menggunakan topping apapun, penambah rasa didapatkan dari kimchi segar yang digunakan sebagai bahan utama adonan.

Kimchijeon (Korea Selatan)

Dilihat dari bahan yang digunakan untuk penyajian, sudah pasti rasanya jauh banget bedanya. Untuk cara membuat, okonomiyaki dan kimchijeon biasanya dibuat diatas panggangan, sedangkan fu yong hai biasanya digoreng (kayak bikin telor dadar). Untuk isian, fu yong hai dan kimchijeon sama-sama hanya berisi sayuran, bedanya kimchijeon berisi kimchi dan kadang-kadang diberi potongan daging babi atau sapi didalamnya. Sedangkan okonomiyaki memiliki bahan isi yang sangat beragam. Ada yang isinya hanya seafood, keju, daging, mie, dan kombinasi, bahkan rasa manis pun ada (campuran dari berbagai macam kue, krim, es krim dan susu).

Intinya, cuma mau bilang kalo ketiga masakan ini bentuknya rada-rada mirip tapi beda banget (kan judulnya ‘serupa tapi tak sama’…hehehe..PEACE!!).

• Taiyaki (Jepang) dan Bungeoppang (Korea Selatan)

Taiyaki dan Bungeoppang adalah sama-sama merupakan kue yang dipanggang dalam cetakan berbentuk ikan. Bungeoppang dan taiyaiki sama-sama dianggap sebagai jajanan khas di negara masing-masing, walaupun sekilas bentuknya sangat mirip. Namun, ada beberapa perbedaan antara dua camilan ini.

Kiri – taiyaki, Kanan – Bungeoppang

Pertama, bungeoppang dibuat dengan cara menuang adonan dalam cetakan, lalu ditambahkan kacang merah/pasta kacang merah, dan langsung ditambahkan adonan lagi untuk menutupi kacang merah tanpa menunggu adonan dibawahnya matang. Sedangkan taiyaki, bagian atas dan bawah kue dimasak secara terpisah. Baru, kemudian diolesi selai kacang meranh. Sehingga jatuhnya seperti dorayaki, tapi berbentuk ikan.

Kedua, dari segi bentuk, bungeoppang bentuk ikannya lebih lurus. Karena bungeoppang hanya mengambil bentuk umum dari ikan yang biasanya terlihat di perairan. Sedangkan taiyaki, ekor ikannya lebih mencuat keatas, karena taiyaki mengikuti bentuk ikan Tai yang merupakan ikan termahal yang ada di Jepang.

Ketiga, taiyaki sering dijual dalam beragam ukuran, sedangkan bungeoppang biasanya dijual dalam ukuran yang sama.

Keempat, isi dari taiyaki sangat beragam, seperti kacang merah, krim, coklat, kari, sosis, bacon, kubis, dll. Sedangkan bungeoppang hanya terdiri dari kacang merah. Walaupun sekarang beberapa produsen makanan menjual bungeoppang isi es krim, tapi tetap saja, eskrimnya adalah es kacang merah dilapisi es krim vanila (ujung-ujung kacang merah juga).

Kelima, taiyaki dijual di toko-toko khusus dengan harga yang mahal. Sedangkan bungeoppang dijual dipinggir jalan sebagai jajanan kaki lima. Jadi, taiyaki jauh lebih mahal dibandingkan bungeoppang.

Jadi, mau coba yang mana? Taiyaki? Atau bungeopang? Silahkan pilih yang disuka ya…

• Jiaozi (Cina), Gyoza (Jepang) dan Mandu (Korea Selatan)

Sekarang, kita beralih ke makanan lainnya. Sama aja kayak la mian, ramen dan ramyun yang punya silsilah keluarga, jiaozi, gyoza dan mandu juga punya silsilah keluarga. Dan seperti yang sudah-sudah, asal-muasalnya adalah jiaozi yang berasal dari Cina.

Jiaozi (Cina)

Jiaozi adalah daging babi atau udang dan sayuran yang dicincang dan dibungkus lembaran tipis adonan, yang kemudian disegel dngan menekan tepi bersama-sama atau dengan crimping. Adonan kulit dibuat dari campuran tepung terigu, air, dan garam dapur. Makanan ini dimatangkan dengan cara direbus. Jiaozi berbeda dengan pangsit pada umumnya, kulit jiaozi lebih tebal dan relatif datar (lebih mirip ravioli) dan biasanya dimakan dengan cuka saus kedelai, sedangkan pangsit memiliki kulit lebih tipis dan berbentuk persegi dan biasanya disajikan dalam kaldu. Adonan untuk pembungkus Jiaozi dan pangsit juga terdiri dari bahan-bahan yang berbeda.

Gyoza (Jepang)

Gyoza adalah makanan yang bisa dikatakan diadaptasi dari jiaozi Cina. Nama gyoza sendiri adalah pengucapan Jiaozi oleh orang Jepang yang tidak bisa berbahasa Cina. Sebenarnya, gyoza dan jiaozi hampir sama. Perbedaannya, gyoza berisi banyak bawang putih dibandingkan dengan jiaozi. Bumbu yang dipakai gyoza juga lebih ringan, hanya garam dan saus kedelai. Kulit gyoza juga lebih tipis dibandingkan luit jiaozi. Gyoza dapat ditemukan diseluruh supermarket dan restoran di seluruh Jepang. Biasanya, gyoza goreng dijual sebagai lauk di kedai ramen dan restoran Cina di Jepang.

Mandu (Korea Selatan)

Mandu (만두) adalah jenis pangsit yang dibuat dengan adonan tepung dan berisi daging yang dibumbui. Mandu adalah jenis masakan yang berasal dari Cina dan masuk ke Korea sejak zaman Dinasti Goryeo (935-1397). Pada saat ini mandu dimakan pada setiap musim dingin dan perayaan tahun baru Seollal atau tahun baru Imlek. Adonan mandu dibuat dengan cara dilipat untuk membuat kulit yang diisi berbagai macam bahan, antara lain daging, sayuran, jamur, tahu dan sebagainya. Metode membuat mandu bermacam-macam antara lain ada yang direbus dalam sup kaldu (jangguk) yang panas, dikukus, digoreng atau dinikmati dalam kuah kaldudingin. Bentuk mandu ada bermacam-macam antara lain bulat, setengah bulat, persegi, lonjong dan setiap daerah memiliki cara memasak dan variasi yang lebih banyak lagi. Jika dimakan dengan sup kaldu maka dinamakan mandutguk (sup mandu).

Sumber :

http://id.wikipedia.org/wiki/Masakan_Jepang

http://id.wikipedia.org/wiki/Masakan_Korea

http://en.wikipedia.org/wiki/Zhajiangmian

http://id.wikipedia.org/wiki/Jajangmyeon

http://id.wikipedia.org/wiki/Gimbap

http://en.wikipedia.org/wiki/Lamian

http://mealbymel.blogspot.com/2010/11/zha-jiang-mian-at-tian-fu-food.html

http://id.wikipedia.org/wiki/Ramen

http://koreanindo.net/2010/09/26/korean-cuisine-2-ramyeon/

http://en.wikipedia.org/wiki/Kimchijeon

http://id.wikipedia.org/wiki/Okonomiyaki

http://id.wikipedia.org/wiki/Fu_yong_hai

http://foodstoryist.tistory.com/18

http://minkyukey.blogspot.com/2011/03/makanan-makanan-korea-yang-menggugah.html

http://en.wikipedia.org/wiki/Jiaozi

http://en.wikipedia.org/wiki/Mandu_(dumpling)

http://id.wikipedia.org/wiki/Jiaozi

http://id.wikipedia.org/wiki/Mandu

[Rekomendasi] “Channel Japan” – Melihat Hal Menarik di Jepang

Hari minggu bangun pagi? Kenapa nggak? Kalau teman-teman bangun pagi di hari minggu, sekitar jam 07.05 WIB pagi, coba nyalakan TV dan cari channel Metro TV. Nah, ada tuh acara yang menarik banget, namanya “Channel Japan”.

Channel Japan

Channel Japan adalah acara yang berisi informasi seputar Negeri Sakura Jepang. Mulai dari makanan khas, tempat wisata, gaya hidup, teknologi, bahkan sampai produk rumah tangga favorit, dan semuanya disajikan dalam list rangking yang dihitung mundur mulai dari nomor 5-1 atau 10-1 (countdown/hitung mundur). Tapi, untuk beberapa episode belakangan, tayangannya tidak menggunakan metode “countdown” lagi. Walaupun begitu, masih menarik untuk ditonton kok.

Kemunculan program Channel Japan diawali dari kerjasama yang terjalin antara dua perusahaan, yaitu: Nikkei Inc dan Tokyo Broadcasting System (TBS) Holdings Inc, yang pada 5 April 2012 sepakat untuk mendirikan kemitraan bersama yang bernama Nikkei-TBS Smart Media. Lewat perusahaan Nikkei-TBS Smart Media inilah program Channel JAPAN mulai diproduksi sampai dapat mengudara.

Hingga akhirnya pada 22 April 2012, Presiden & CEO Nikkei Inc, Tsuneo Kita; bersama dengan Presiden & Representative Director TBS Holdings, Toshichika Ishihara; secara resmi melaunching program Channel JAPAN hingga dapat dinikmati oleh para pemirsa di beberapa negara Asia termasuk Indonesia.

Teman-teman tidak perlu takut kalau tayangan yang ada di Channel Japan Metro TV adalah tayangan ‘JADUL’ a.k.a sudah ‘nggak up-to-date’, karena kita Cuma ketinggalan dua episode dari tayangan originalnya kok.

Kalau favorit saya adalah episode tentang “Top 5 Okonomiyaki”, “Top 5 Ramen”, Top 5 Dessert”, “Top 5 Place for OTAKU”, “Top 10 Houseware”, robotic food machine for industry, dan top selling frozen food (sebagian besar makanan).

Acara ini salah satu rekomendasi saya kalau teman-teman iseng bangun pagi dan cukup malas untuk langsung beraktivitas. Karena informasinya dan penyajiannya yang menarik. Acara ini juga dapat mengasah listening Bahasa Inggris kita, karena baik pembawa acara, reporter dan narator menggunakan Bahasa Inggris dengan lafal yang sangat baik. Untuk yang tidak mengerti Bahasa Inggris, tenang aja…Metro TV sudah berbaik hati untuk men-translate-nya dalam Bahasa Indonesia berupa subtitle.

Ok…Have a nice Sunday morning….!!!

Bidang-Bidang yang Terkait dengan Bioinformatika

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Secara umum, Bioinformatika dapat digambarkan sebagai : segala bentuk penggunaan komputer dalam menangani informasi-informasi biologi. Dalam prakteknya, definisi yang digunakan oleh kebanyakan orang bersifat lebih terperinci. Bioinformatika menurut kebanyakan orang adalah satu sinonim dari komputasi biologi molekul (penggunaan komputer dalam menandai karakterisasi dari komponenkomponen molekul dari makhluk hidup).

Bidang-Bidang yang Terkait dengan Bioinformatika

Biophysics

Biologi molekul sendiri merupakan pengembangan yang lahir dari biophysics. Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan teknik- teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society). Sesuai dengan definisi di atas, bidang ini merupakan suatu bidang yang luas. Namun secara langsung disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan penggunaan TI.

Computational Biology

Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Tak dapat dielakkan bahwa Biologi Molekul cukup penting dalam computational biology, namun itu bukanlah inti dari disiplin ilmu ini. Pada penerapan computational biology, model-model statistika untuk fenomena biologi lebih disukai dipakai dibandingkan dengan model sebenarnya. Dalam beberapa hal cara tersebut cukup baik mengingat pada kasus tertentu eksperimen langsung pada fenomena biologi cukup sulit. Tidak semua dari computational biology merupakan Bioinformatika, seperti contohnya Model Matematika bukan merupakan Bioinformatika, bahkan meskipun dikaitkan dengan masalah biologi.

Medical Informatics

Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit” –yaitu informasi dari sistem-sistem superselular, tepat pada level populasi—di mana sebagian besar dari Bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan selular.

Cheminformatics

Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). Pengertian disiplin ilmu yang disebutkan di atas lebih merupakan identifikasi dari salah satu aktivitas yang paling populer dibandingkan dengan berbagai bidang studi yang mungkin ada di bawah bidang ini.

Salah satu contoh penemuan obat yang paling sukses sepanjang sejarah adalah penisilin, dapat menggambarkan cara untuk menemukan dan mengembangkan obatobatan hingga sekarang –meskipun terlihat aneh–. Cara untuk menemukan dan mengembangkan obat adalah hasil dari kesempatan, observasi, dan banyak proses kimia yang intensif dan lambat. Sampai beberapa waktu yang lalu, disain obat dianggap harus selalu menggunakan kerja yang intensif, proses uji dan gagal (trial-error process).

Kemungkinan penggunaan TI untuk merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang terkait dengan sintesis kimiawi dari komponen-komponen pengobatan merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli biokimia. Penghargaan untuk menghasilkan obat yang dapat dipasarkan secara lebih cepat sangatlah besar, sehingga target inilah yang merupakan inti dari cheminformatics.

Ruang lingkup akademis dari cheminformatics ini sangat luas. Contoh bidang minatnya antara lain: Synthesis Planning, Reaction and Structure Retrieval, 3-D Structure Retrieval, Modelling, Computational Chemistry, Visualisation Tools and Utilities.

Genomics

Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif.

Mathematical Biology

Mathematical biology lebih mudah dibedakan dengan Bioinformatika daripada computational biology dengan Bioinformatika. Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware. Bahkan metode yang dipakai tidak perlu “menyelesaikan” masalah apapun; dalam mathematical biology bisa dianggap beralasan untuk mempublikasikan sebuah hasil yang hanya menyatakan bahwa suatu masalah biologi berada pada kelas umum tertentu. Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul.

Proteomics

Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Ilmu yang mempelajari proteome, yang disebut proteomics, pada saat ini tidak hanya memperhatikan semua protein di dalam sel yang diberikan, tetapi juga himpunan dari semua bentuk isoform dan modifikasi dari semua protein, interaksi diantaranya, deskripsi struktural dari proteinprotein dan kompleks-kompleks orde tingkat tinggi dari protein, dan mengenai masalah tersebut hampir semua pasca genom. Michael J. Dunn [DUNN2004], Pemimpin Redaksi dari Proteomics mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin complement of the genOME”. Dan mendefinisikan proteomics berkaitan dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”.

Mengkarakterisasi sebanyak puluhan ribu protein-protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu –apakah untuk mengukur berat molekul atau nilai-nilai isoelektrik protein-protein tersebut– melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar, tak terhindarkan lagi akan memerlukan Bioinformatika.

Pharmacogenomics

Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker). Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih “trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah pengumpulan informasi pasien dalam database.

Pharmacogenetics

Tiap individu mempunyai respon yang berbeda-beda terhadap berbagai pengaruh obat; sebagian ada yang positif, sebagian ada yang sedikit perubahan yang tampak pada kondisi mereka dan ada juga yang mendapatkan efek samping atau reaksi alergi. Sebagian dari reaksi-reaksi ini diketahui mempunyai dasar genetik. Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan. Secara menakjubkan pendekatan tersebut telah digunakan untuk “menghidupkan kembali” obat-obatan yang sebelumnya dianggap tidak efektif, namun ternyata diketahui manjur pada sekelompok pasien tertentu. Disiplin ilmu ini juga dapat digunakan untuk mengoptimalkan dosis kemoterapi pada pasien-pasien tertentu. Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan.

Komentar :

Menurut saya, bioinformatika memiliki banyak bidang dikarenakan Bioinformatika itu sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner (satu cabang ilmu pengetahuan saja/ilmu pengetahuan serumpun). Hal tersebut menimbulkan banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika. Ini sangat bagus, karena ilmu biologi merupakan salah satu ilmu yang paling dekat dengan kedokteran. Sehingga, dengan banyaknya bagian/cabang ilmu lain yang mengembangkannya, bidang kedokteran pun akan berkembang dan berdampak pada peningkatan kualitas pelayanan kesehatan.

Sumber :

Aprijani, Dwi Astuti, & Elfaizi, M. Abdushshomad, BIOINFORMATIKA: Perkembangan, Disiplin Ilmu dan Penerapannya di Indonesia, http://kambing.ui.ac.id/bebas/v06/Kuliah/SistemOperasi/2003/50/Bioinformatika.pdf

http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika

ARTIKEL BIOINFORMATIKA – Membuat Pohon Filogenetik

Evolutionary Tree General (Image from all-creatures.org)

Pohon filogenetik dibuat untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai spesies atau benda-benda lain. Pohon filogenetik yang berupa diagram bercabang-cabang ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dalam artikel ini kita akan membuat pohon filogenetik berdasarkan sekuen DNA gen 16S ribosomal RNA dari bakteri-bakteri.

Misalkan kita mengisolasi bakteri-bakteri yang hidup di permukaan kulit kita, misalnya ketiak yang kaya akan bakteri golongan Micrococcaceae, kemudian kita mengisolasi DNA genom bakteri-bakteri tersebut secara langsung dan melakukan amplifikasi PCR untuk gen 16S rRNA menggunakan primer universal. Produk PCR tersebut diklon ke plasmid dan setiap klon yang tumbuh dianalisa sekuen DNA insertnya yang notabene adalah sekuen dari gen 16S rRNA bakteri-bakteri yang hidup di dalam tanah sampel kita tadi.

Untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies bakteri yang hidup di permukaan kulit tersebut, kita bisa mengkonstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA mereka. Bagaimana caranya? Yuk kita coba langkah-langkah berikut ini:

Mengumpulkan Sekuen DNA

Hasil analisa DNA sequencing kita kumpulkan dalam satu file. Hal ini bisa dilakukan dengan bantuan software seperti BioEdit (lihat artikel Sequence Alignment di BioEdit), sekuen-sekuen tersebut disimpan dalam satu file berformat FASTA agar lebih mudah nantinya.

Contoh file FASTA untuk membuat pohon filogenetik bisa Anda unduh di sini.

Multiple Sequence Alignment

Kumpulan sekuen tadi harus dialignment atau disejajarkan posisinya untuk melihat jarak kedekatan antar masing-masing sekuen. Kita bisa meminta bantuan software ClustalW2 untuk melakukan Multiple Sequence Alignment. Software ini tersedia secara gratis untuk diunduh atau kita juga bisa menggunakan software ClustalW2 secara online. Salah satu yang online tersedia di website EBI (European Bioinformatics Institute) di alamat http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/.

Berikut ini caranya:

ClustalW2 Input Window for Alignment

• Buka situs ClustalW2 di EBI website
• Ada dua cara memasukkan sekuen-sekuen kita, bisa dengan copy-paste dari file berformat FASTA tadi, atau kita bisa mengunggah (upload) file tersebut.
• Untuk sementara Anda tidak perlu mengubah parameter apapun yang ada di situ
• Setelah selesai memasukkan/mengunggah sekuen, klik tombol “RUN” untuk memulai analisa.
• Tunggu beberapa saat hingga laman hasil alignment terbuka dengan sempurna.

Pada laman hasil alignment terdapat beberapa bagian, yaitu:

ClustalW2 Result Window for Alignment

• Lokasi file-file hasil alignment dan hasil konstruksi pohon filogenetik yang dapat kita unduh, yaitu pada tabel “RESULT OF SEARCH”.
• Tabel skor alignment
• Hasil alignment itu sendiri
• Guide Tree dan Cladogram

Selanjutnya Anda harus mengunduh (download) file hasil alignment tadi, yaitu dengan mengklik kanan pada link “Alignment File”, lalu “Save” ke harddisk komputer.

Membuat Pohon Filogenetik

Langkah selanjutnya adalah membuat pohon filogenetik tree berdasarkan hasil alignment yang sudah kita buat barusan menggunakan bantuan ClustalW2. Sekarang pun kita akan menggunakan software ClustalW2 kembali, namun kali ini file inputnya sudah dialignment.

Contoh file hasil alignment dapat didownload di sini.

ClustalW2 Input Window for Phylogenetic Tree Construction

• Buka situs ClustalW2 di EBI website
• Ada dua cara memasukkan sekuen-sekuen kita, bisa dengan copy-paste dari file yang sudah dialignment tadi, atau kita bisa mengunggah (upload) file tersebut.
• Ubahlah parameter “TREE TYPE” menjadi “nj” (neighbor-joining). Ini adalah salah satu algoritma untuk mengkonstruksi pohon filogenetik.
• Setelah selesai, klik tombol “RUN” untuk memulai analisa.
• Tunggu beberapa saat hingga laman hasil alignment terbuka dengan sempurna.

Pada laman hasil alignment terdapat beberapa bagian, yaitu:

ClustalW2 Result Window for Phylogenetic Tree Construction

• Lokasi file-file hasil alignment dan hasil konstruksi pohon filogenetik yang dapat kita unduh, yaitu pada tabel “RESULT OF SEARCH”.
• Neighbor-Joining Tree yang masih dalam bentuk angka-angka
• Phylyp Tree, juga dalam bentuk angka-angka
• Cladogram/Phylogram

Untuk mengkonstruksi atau membuat pohon filogenetik dengan program tambahan, unduhlah file “OUTPUT FILE”, “NEIGHBOR-JOINING TREE FILE” dan “PHYLIP TREE FILE” pada tabel “RESULT OF SEARCH” ke komputer Anda.

Menampilkan Pohon Filogenetik

Kita akan menggunakan software TreeView X untuk membuat pohon filogenetik. Software ini dapat diunduh secara gratis dari situs darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/

Berikut ini langkah-langkahnya:

• Buka software TreeView X yang telah terinstall di komputer
• Pilih menu “FILE” –> “OPEN” untuk membuka file. Pilih jenis file-nya “PHYLIP (*.ph)”
• Buka file berekstensi *.ph yang telah Anda unduh tadi (contoh file dapat Anda temukan di sini)
• Pohon filogenetik kini telah terbentuk

Phylogenetic Tree using TreeView X. Treetype = Slanted Cladogram

Tampilan pohon filogenetik tersebut dapat kita modifikasi dengan mengubah beberapa parameter diantaranya:

• Bentuk Tree bisa berupa “SLANTED CLADOGRAM”, “RECTANGULAR CLADOGRAM” atau “PHYLOGRAM”
• Tree dapat dibuat dalam bentuk “ROOTED” maupun “UNROOTED”
• Urutan cabang pohon filogenetik dapat diubah pada menu “TREE” –> “ORDER”
• Parameter-parameter lainnya dapat Anda coba ubah-ubah sendiri sehingga diperoleh pohon filogenetik yang memiliki visualisasi bagus

Phylogenetic Tree using TreeView X. Treetype = Phylogram

Contoh di atas hanyalah salah satu cara dan jenis pohon filogenetik yang biasa dibuat. Masih banyak jenis input lain dan cara memvisualisasikan hubungan evolusi di antara berbagai spesies atau benda-benda.

 

Sumber : http://sciencebiotech.net/membuat-pohon-filogenetik/

 

Artikel diatas merupakan salah satu artikel yang terdapat dalam situs http://sciencebiotech.net/, situs ini adalah salah satu situs mengenai bioteknologi yang cukup lengkap dan disajikan dalam bahasa Indonesia. berikut adalah komentar saya secara pribadi mengenai artikel ini.

Komentar :

Artikel diatas menjelaskan tentang pembuatan pohon filogenetik yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai spesies atau benda-benda lain. Pohon ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dengan adanya pohon ini, kita dapat memperoleh gambaran secara visual mengenai evolusi spesies misalnya bakteri. Sehingga, apabila terdapat penyakit yang diserang oleh jenis bakteri tertentu, kita dapat mengetahui cara menyembuhkannya berdasarkan evolusi perkembangannya. Dalam artikel ini juga dijelaskan mengenai aplikasi yang dibutuhkan dan cara menggunakannya hingga didapatkan sebuah pohon filogenetik. Hal ini membuktikan bahwa teknologi informasi sangat dibutuhkan tidak hanya untuk bidang teknologi, informasi atau telekomunikasi saja. Melainkan juga dapat membantu dalam perkembangan dibidang biologi. Hal ini tentu saja menarik, karena dapat membuktikan bahwa perkembangan teknologi informasi memiliki peran yang sangat besar pada berbagai bidang, bahkan bidang keilmuwan seperti biologi.

Artikel diatas sangat menarik, situs  http://sciencebiotech.net/ menjelaskan dengan cukup jelas dan disertai dengan contoh implementasinya. Apabila teman-teman ingin mengetahui artikel lain mengenai bioinformatika atau bioteknologi selain bidang bioinformatika, teman-teman dapat berkunjung ke halaman situs tersebut.

Penerapan Komputasi Modern

Pada bagian ini, saya akan memberi contoh mengenai penerapan komputasi modern. Seperti yang sudah dijelaskan pada posting sebelumnya, komputasi modern memiliki beberapa jenis. Namun, jenis yang paling sering dipergunakan pada jaman sekarang ini adalah cloud computing komputasi awan).

Komputasi awan (bahasa Inggris: cloud computing) adalah gabungan pemanfaatan teknologi komputer (‘komputasi’) dan pengembangan berbasis Internet (‘awan’). Awan (cloud) adalah metafora dari internet, sebagaimana awan yang sering digambarkan di diagram jaringan komputer. Sebagaimana awan dalam diagram jaringan komputer tersebut, awan (cloud) dalam Cloud Computing juga merupakan abstraksi dari infrastruktur kompleks yang disembunyikannya. Ia adalah suatu metoda komputasi di mana kapabilitas terkait teknologi informasi disajikan sebagai suatu layanan (as a service), sehingga pengguna dapat mengaksesnya lewat Internet (“di dalam awan”) tanpa mengetahui apa yang ada didalamnya, ahli dengannya, atau memiliki kendali terhadap infrastruktur teknologi yang membantunya.

Contoh penerapan cloud computing dilakukan oleh salah satu perusahaan yang bergerak dibidang massa dan merupakan yang terbesar di Indonesia yaitu Toko Buku Gramedia yang tergabung dalam jaringan toko buku dalam perusahaan Kompas Gramedia.

Penerapan cloud computing yang dapat dilihat misalnya kemampuannya dalam pencarian (searching) dan pembelian buku online yang dapat diakses dimana saja. Tidak hanya melalui web di komputer, tetapi juga dapat diakses di ponsel maupun tablet pc yang dapat terkoneksi dengan internet.

Berikut adalah tampilan awal website :

Terdapat dua cara untuk pencarian item yang kita inginkan. Cara pertama yaitu ada pada menu yang sudah dikelompokkan sesuai dengan jenis barang yang dijual. Jika, kita memilih menu buku, maka akan muncul sub menu mengenai jenis buku yang kita inginkan. Seperti gambar berikut :

 

Berikut contoh tampilan jika kita ingin melihat buku apa saja yang termasuk dalam jenis buku komputer bagian programming :

Dibagian yang dilingkari bisa dilihat bahwa kita dapat memilih jenis pencarian untuk buku komputer programming berdasarkan favorit, top seller (penjualan terbaik), new arrival (buku baru), price (harga, mulai dari yang termurah), dan name (judul buku sesuai abjad alfabet).

Cara kedua adalah dengan langsung melakukan pencarian pada search bar yang ada di pojok kanan atas halaman web. Misalnya kita ingin melakukan pencarian buku yang menjelaskan tentang CodeIgniter, seperti berikut :

Maka akan didapat hasil :

Itu untuk service dalam hal pencarian (searching). Selain dapat melakukan pencarian, kita juga dapat melakukan transaksi pembelian buku secara online.

Caranya, pertama-tama kita harus membuat akun baru dengan cara memilih menu sign-in yang ada di bagian paling atas halaman web. Kemudian isi semua data yang diminta, terutama alamat.

Kemudian, pilih buku dan klik add to chart untuk mengisi daftar belanja di account anda

Kemudian, masuk ke halaman shopping chart anda dengan memilih menu shopping chart yang ada dibagian paling atas halaman. Maka, keranjang belanja anda akan terisi. Jika anda ingin melanjutkan transaksi pembelian, pilih menu checkout.

Kemudian isi data dan pilih continue sampai step terakhir (receipt)

Barang yang dipesan pun siap diantarkan ke alamat anda. Jangan lupa untuk melakukan pembayaran sesuai yang telah dikonfirmasi pada saat pemesanan online.

Komentar :

Menurut pendapat saya, website Gramedia ini sudah sangat baik terutama dari segi penyediaan pelayanan (service) misalnya dalam hal pencarian (searching) maupun pembelian buku secara online. Alur yang mudah dimengerti membuat user dari berbagai kalangan dapat menggunakan segala fasilitas yang ada dengan baik. Untuk faktor keamanan juga sangat terjamin, contoh kecilnya saja. Kita tidak dapat mengakses menu diluar halaman web utama (mis. buka tab baru). Kita harus membuka web ini untuk satu halaman saja, jika tidak akan muncul pesan berikut :

Hal tersebut membuktikan bahwa keamanan merupakan hal yang sangat penting dalam website ini. Selain itu, yang paling utama adalah kemudahan dalam mengakses website ini. Karena menggunakan konsep cloud computing, pengaksesan web dan segakla fasilitas yaang ada didalamnya tidak hanya dapat dilakukan pada pc komputer. Laptop saja, namun juga dapat diakses melalui ponsel atau tablet pc yang terkoneksi dengan internet. Sehingga, user dapat mengaksesnya kapanpun dan dimanapun. Dengan konsep ini, selain konsumen dipermudah dalam mencari apa yang diinginkan maupun berbelanja, pihak gramedia pun dapat memperoleh keuntungan yang lebih besar selain yang didapat dari penjualan langsung di toko.

Kekurangan dari website ini adalah tampilan interface yang menurut saya masih bisa dibuat lebih menarik lagi. Selebihnya sudah sangat baik.

 

Sumber :

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi_awan#cite_note-4

http://gramediaonline.com

Komputasi Modern

Pengertian Komputasi Modern

Komputasi dapat diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Hal ini ialah apa yang disebut dengan teori komputasi, suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer.

Modern adalah Sebuah perspektif menegaskan bahwa modern adalah suatu keadaan dimana masyarakat telah menghasilkan produk-produk secara massal guna memenuhi kebutuhan sehingga kehidupan menjadi lebih mudah.

Jadi Komputasi Modern adalah suatu pemecahan masalah menggunakan komputer untuk menghasilkan informasi-informasi yang bermanfaat bagi pengguna dalam kehidupan sehari-sehari. Secara umum, iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu / sains. Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Bidang ini berbeda dengan ilmu komputer (computer science), yang mengkaji komputasi, komputer dan pemrosesan informasi. Bidang ini juga berbeda dengan teori dan percobaan sebagai bentuk tradisional dari ilmu dan kerja keilmuan. Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut.

Sejarah Penemu Konsep Komputasi Modern

Konsep Komputasi Modern berasal dari seorang ilmuwan besar abad di 21, bernama John Von Neumann. Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputasi modern. Karya – karya yang dihasilkan adalah karya dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer. Beliau juga merupakan salah seorang ilmuwan yang sangat berpengaruh dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.

John Von Neumann

Von Neumann lahir di Budapest – Hungaria pada 28 Desember 1903 dengan nama Neumann Janos. Dia adalah anak pertama dari pasangan Neumann Miksa dan Kann Margit.  Von Neumann belajar berbagai tempat dan beberapa tempatnya di Berlin dan Zurich. Di tempat itu beliau mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest.

Keahlian Von Neumann terletak pada bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer. Kegeniusannya dalam bidang matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

Von Neumann menjadi seorang konsultan pada pengembangan komputer ENIAC dan merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah seperangkat komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori.

Jenis-jenis Komputasi Modern

1. Mobile computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

2. Grid computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar.

3. Cloud computing

Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

 

Sumber :

http://resariski.wordpress.com/2012/03/19/477/

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi_awan